Về dược tính, các sách thuốc cổ phương Đông đều ghi rõ: cá thủ là loại thực phẩm ngon và vị thuốc quý. Nó lành, ít béo, giúp khai vị, làm ăn ngon và ăn nhiều, làm khí lực dồi dào, huyết mạch lưu thông. Nhưng không nên ăn nhiều mà sinh nóng phát ghẻ lở.
Bộ phận dùng làm thuốc gồm thịt, bong bóng và xương đầu. Dược liệu có tên thuốc trong y học cổ truyền và kinh nghiệm dân gian là thạch thủ ngư, có vị ngọt, tính bình, không độc, có tác dụng bổ khí, ích tinh, khai vị, mạnh tỳ, giảm đau…
Thịt cá thủ (thạch thủ ngư nhục) để tươi, cắt miếng mỏng, 50-100g, xào với lá hẹ 25g, rồi nấu thành cháo, ăn hết trong một lần, chữa chứng tinh ít và loãng, khi hành sự chóng xuất. Cũng với tác dụng trên, có thể hấp cách thủy thịt cá với 25g đông trùng hạ thảo hoặc nhục thung dung mà ăn.
Để chữa kiết lỵ kinh niên, đau trướng bụng, tiêu hóa kém, đem thịt cá phơi khô và nướng cho thật chín, rồi ăn trong ngày…
Cao này có tên gọi là phiên giao, thể chất rất dính. Có khi người ta còn chế thêm vào cao bột vỏ sò (cáp phấn) hoặc vỏ hàu (mẫu lệ) với lượng vừa đủ, rồi sao, sau lại trộn thêm với nước sữa, sao lần cuối cho đến khi hết dính, tán thành bột mịn.
Ngày uống 4g trộn với lượng tương đương đường cát để chữa chứng trĩ ngoại rất tốt. Cao bong bóng cá thủ cũng được dùng trong những trường hợp làm tăng chất lượng của tinh dịch.
Xương đầu cá thủ (Thạch thủ ngư đầu): Đem phơi xương hoặc sấy thật khô. Khi dùng lấy 20-30g dược liệu mài với nước hoặc đốt cháy tồn tính, tán bột, uống với nước cơm làm 3 lần trong ngày. Thuốc chữa chứng đái són, đái buốt (lâm lịch)
Xương đầu cá thủ còn có tác dụng giải độc nấm, hóa chất và thức ăn.